Atelier Matlab NeuroPhysio

1
Atelier Matlab Neuro/Physio

• François Rivest
• Automne 2007,
• Université de Montréal

2
Plan

• Introduction et fonctionnement de latelier
• Introduction à lenvironnement de Matlab
• Le magicien dimportation (Wizard)
• Introduction à Matlab (commandes et matrices)
• Code dimportation 1
• Code dimportation 2
• Une premier graphique!

3
Plan des 6 séances

• 25 septembre
• 2 octobre
• 9 octobre
• 30 octobre
• 13 novembre
• 20 novembre

• Importation des données
• Les Matrices
• Graphiques
• Programmation 101
• Analyse de données
• Bonus

4
Fonctionnement de latelier

• Début à 13h
• Répondre aux questions individuelles (15 min)
• Démonstration/cours magistral (30 min)
• Temps personnel pour appliquer vos nouvelles
  connaissances avec support (30 à 45 min)
• Les éléments utiles à tous seront présentés en
  avant.
• Démonstration/exercice guidé (15 min)
• Disponible pour de laide jusquà la fin (à 15h)

5
Introduction à lenvironnement de Matlab et
laide en ligne

• Démo
• Comment fonctionne laide
• Les bons vieux manuels
• Dont le Getting Started
• Laide par catégorie
• Et la commande help

6
Le magicien dimportation (Wizard)

• Le magicien supporte
• Le copier-coller tabulaire (clipboard)
• Le fichier textes et tabulaires (.txt, .cvs,
  .xls)
• Les images (.gif, .tif, .bmp, .jpg, )
• Les fichiers audios (.au, .snd, .wav)
• Les fichiers vidéos (.avi, avec codec)
• Formats scientifiques (CDF, FITS, HDF4, HDF5)

7
Introduction aux commandes Matlab

• Vecteurs
• x 1 2 3
• y 7 -2 5 ou 7,-2,5
• Attention 7 - 2 5 ? 10
• Addition par élément xy
• Attention, multiplication par élément x.y
• Matrices
• z 1 2 3 4 5 6 7 8 9
• Multiplication zx
• Fonctions
• a b c mafonction(x,y,z)

8
Code dimportation

• Livre Programming
• Chapitre Data Import and Export

9
(No Transcript)
10
Code dimportation (images)

• image1 imread(filename)
• image(image1)
• image2, map2 imread(filename)
• image(image2, map2)

11
Code dimportation (audio)

• signal, Fs, bits wavread(filename)
• wavplay(signal,Fs)
• wavplay(signal, Fs, async)
• player audioplayer(signal, Fs)
• play(player, 40000 80000)
• pause(player)
• resume(player)
• stop(player)

12
Code dimportation (tableur)

• num xlsread(filename, sheetname)
• Plus doptions sous Windows
• num, txt xlsread(filename, sheetname,
  range)
• num xlsread(filename, -1)

13
Code dimportation (texte tabulaire numérique)

• M load(filename) espace-délimité, sans
  en-tête
• M cvsread(filename) virgule-délimité, sans
  en-tête
• M dlmread(filename, delimiter) au choix, sans
  en-tête
• M,d,headers importdata(filename, delimiter,
  headerlines) au choix, avec en-tête
  (supporte aussi dautres types de fichiers)
• M,d,headers importdata(-pastespecial,
  delimiter, headerlines)

14
Code dimportation (texte tabulaire)

• col1, col2, textread(filename, format)
• col1, col2, textread(filename, format,
  delimiter, delimiter) sans en-tête, texte
  accepté
• d un entier
• f un réel
• s chaîne de caractères séparée par des espaces
• q chaîne de caractères encadrée par des
• chaîne contenant que les caractères
• chaîne contenant aucun des caractères

15
Code dimportation (autre texte)

• fid fopen(filename)
• data textscan(fid, )
• Version élaborée de textread
• x fscanf(fid, )
• Autres options
• fclose(fid)
• Pour othertable.txt
• data textscan(fid, d f f s,
  headerLines, 1)

16
Code dimportation (binaire)

• Livre Programming
• Chapitre Data Import and Export
• Section Using Low-Level File I/O Functions
• Pour experts seulement, il faut connaître le
  format exacte des fichiers à lire.

17
Pour plus dinformation

• Livre Data Analysis
• Chapitre Preparing Data for Data Analysis
• Section Importing and Exporting Data
• Livre Programming
• Chapitre Data Import and Export
• Toutes les sections!
• En particulier
• Supported File Formats
• Importng Text Data Using Import Functions with
  Text Data
• Livre Programming
• Chapitre Working with Scientific Data Formats
• Functions By Category
• File Formats
• http//www.mathworks.fr/matlabcentral

18
Autres formats

• Image Processing Toolbox
• Format dimages médicales DICOM
• Format dimages géospatiales NITF
• Images haute-qualités HDR
• Database Toolbox
• Accès aux bases de données (MySQL, SQLServer,
  Oracle, MSAcces, DBase, Paradoxe, )
• Data Acquisition Toolbox
• Image Acquisition Toolbox
• Datafeed Toolbox

19
Un premier graphique!
20
Prochain Atelier (le 2 octobre)

• Les matrices création, manipulation, opérations,
  arithmétique
• Moyenne, somme, min, max
• Sélectionner, Rechercher
• Lissage
• Dérivées, intégrales