Int

1
Intégration texte-représentation formelle dans la
gestion de documents XML

• Raphaël Troncy

2
Problématique (1/2)

• Web espace dinformation
• Problème difficulté à trouver et à utiliser
  linformation disponible
• Exemple on cherche la page personnelle dun
  chercheur nommé Smith
• résultats à propos de forgeron (problème de
  précision)
• on souhaite aussi connaître son prénom (problème
  dutilisation)

3
Problématique (2/2)

• Principe représenter la connaissance contenue
  dans les documents de façon à ce que celle-ci
  soit exploitable par des machines
• Quels moyens faut-il mettre en œuvre pour
  représenter la connaissance contenue dans des
  documents et produire le système qui va en tirer
  parti ?

4
Action de recherche ESCRIRE

• But comparaison de trois classes de formalisme
  de représentation de connaissance
• Méthodologie

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Présentation du corpus de travail

• Résumés darticles scientifiques traitant
  dinteraction géniques chez la drosophile pendant
  son processus de segmentation
• Drosophile petite mouche utilisée pour la
  recherche en biologie dans le domaine de la
  génétique

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Plan de la présentation

• I) Les solutions existantes
• II) Des éléments de réponse
• III) Proposition dimplémentation

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Le langage SHOE (1/2)

• Maryland, 1996 Heflin, Spector, Hendler, Luke
  et Roger
• Langage permettant de définir des ontologies
• définition de classe ltDEF-CATEGORY
  NAME"gap" ISA"gene-class" /gt
• définition de relation ltDEF-RELATION
  NAME"interaction"gt ltDEF-ARG POS"1"
  TYPE"gene" /gt ltDEF-ARG POS"2" TYPE"gene"
  /gt lt/DEF-RELATIONgt
• règles dinférence

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Le langage SHOE (2/2)

• Langage permettant de définir des instances
  ltCATEGORY NAME"gap"/gt ltRELATION
  NAME"interaction"gt ltARG POS"1" VALUEme /gt
  ltARG POS"2" VALUE"hb" /gt lt/RELATIONgt
• Outils associés à SHOE
• agent EXPOSE
• outil permettant dannoter graphiquement les
  pages Web
• interface graphique pour composer des requêtes

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Le système ONTOBROKER (1/2)

• Karlsruhe, 1997 Studer, Decker, Erdmann et
  Fensel
• Architecture générale

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Le système ONTOBROKER (2/2)

• Langage de représentation
• Classes Object. GeneObject.
  InteractionObject.
• Attributs Interactionpromoter gtgt Gene
  target gtgt Gene.
• Langage dannotation
• lta onto"pageInteractionpromoter tll,
  target hb"gtlt/agt
• Langage de requête
• FORALL O ? O CA ?gtgtV
• Outils associés à ONTOBROKER
• interface de requête, moteur dinférence,
   webcrawler 

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Bilan (1/2)

• Multitude de systèmes (OIL, XOL, OML ...)
• Points communs
• définition dune ontologie, description de faits,
  possibilité de formuler des requêtes
• interface XML
• Inconvénients
• systèmes performants pour des applications
  précises

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Bilan (2/2)

• Comment représenter la connaissance contenue dans
  un document ?
• Quels éléments du document va-t-on décrire ?
• A quel type de requête désire-t-on répondre ?
• Comment intégrer cette formalisation de la
  connaissance au sein du document ?

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II) Des éléments de réponse (1/5)

• Comment représenter la connaissance contenue dans
  un document ?
• Nature des documents
• fiction vs non-fiction
• Constructeurs de représentation de connaissance
  utiles
• classes, objets, relations, règles dinférence

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II) Des éléments de réponse (2/5)
Quelle description du document va-t-on donner ?

• Image en couleur
• Il y a 2 hommes
• Il y a 2 présidents
• Il y a Jacques Chirac et Boris Yeltsin
• Jacques Chirac et Boris Yeltsin se serrent la
  main
• Jacques Chirac et Boris Yeltsin se serrent la
  main le 30 mai 1997 devant lElysée

15
II) Des éléments de réponse (3/5)

• Quels éléments du document va-t-on décrire ?
• le document fait allusion à 2 gènes
• ces gènes appartiennent aux classes gap et
  pair-rule
• ces gènes sont tailless (tll) et fushi-tarazu
  (ftz)
• ces 2 gènes ont une influence
• tll inhibe ftz dans la partie antérieure de la
  mouche

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II) Des éléments de réponse (4/5)

• A quel type de requête désire-t-on répondre
  ? Quels sont les documents qui traitent
  dinteractions entre les classes gap et pair-rule
  ?
• Langage de requête (OQL, XML-QL) SELECT
  FROM interactionI WHERE I.promoter-class
  "gap" AND I.target-class "pair-rule"
• Interprétation inférences locales vs inférences
  globales

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II) Des éléments de réponse (5/5)

• Comment intégrer cette formalisation de la
  connaissance au sein du document ?
• à lintérieur des documents
• dans len-tête dune page HTML, encapsulée dans
  des balises RDF
• à lextérieur des documents
• dans des fichiers séparés reliés au document via
  un serveur dannotation

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III) Proposition dimplémentation (1/5)

• Annotation des documents

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III) Proposition dimplémentation (2/5)

• Exemple dannotation ltescobjref
  id"gap" /gt ltescobjref id"pair-rule"
  /gt ltescrelation type"interaction"gt
  ltescrole name"promoter-class"gt ltescobjref
  id"gap" /gt lt/escrolegt ltescrole
  name"target-class"gt ltescobjref
  id"pair-rule" /gt lt/escrolegt
  lt/escrelationgt

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III) Proposition dimplémentation (3/5)

• Interrogation des documents

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III) Proposition dimplémentation (4/5)

• Exemple de requête ltescselect
  /gt ltescfromgt ltescrelvar
  type"interaction" id"I" /gt lt/escfromgt ltesc
  wheregt ltescandgt ltesceqgt ltescpathgt
  ltescrelvarref type"interaction" id"I" /gt
  ltescattribute name"promoter" /gt lt/escpathgt
  ltescobjref id"gt" /gt lt/esceqgt ltesceqgt
  ltescpathgt ltescrelvarref
  type"interaction" id"I" /gt ltescattribute
  name"target" /gt lt/escpathgt ltescobjref
  id"Hb" /gt lt/esceqgt lt/escandgt lt/escwheregt

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III) Proposition dimplémentation (5/5)

• Annotation des documents
• Applet de composition dune requête
• Analyseur de requêtes (Expat)
• Évaluateur de requêtes (optimisation)
• Intégration dans TROEPS
• Affichage des réponses

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Conclusion

• Plusieurs granularités de description possible
  (le choix des éléments à annoter dépend de
  lapplication résultante)
• Structures générales classes, objets, relations
• Mise en œuvre dans TROEPS, un langage de RCO et
  proposition dun processus permettant
  dinterroger les documents
• Proposition dun langage de requête

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Perspectives

• Application à tout le corpus sur la drosophile
• Comparaison des performances du SRCO avec les
  autres formalismes de représentation de
  connaissance
• Remise en question de certains choix
• Utilisation dautres corpus de documents pour
  dégager des grandes classes dapplication