INTRODUCCION A RISCALW

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INTRODUCCION A RISCALW

• Roberto Lozano Sáez
• Francisco Gallego Carboneras

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INTRODUCCION

• RISCALW es un software que se dedica a calcular
  el riesgo en las familias con distrofia muscular
  Duchenne.
• Fue creado por las universidades de Heidelberg
  Y de Würzburg en Alemanía

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INTRODUCCION

• Pose varias características entre ellas
• Podemos introducir un rango de diferentes modelos
  genéticos incluyendo un mosaico de líneas de
  genes, sexo y mutaciones especificas dadas dentro
  de un modelo de ratios.
• También podemos calcular el genotipo del
  individuo sometido a estudio.

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Principales Características de RISCALW
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Principales Características de RISCALW

• Ventana de Pedigrí contiene los datos de
  pedigrí, se comporta como una ventana de Bloc de
  notas.
• Ventana de Parámetros En esta pantalla
  introduciremos los parámetros relativos a 5
  plantillas diferentes GENERAL, FISH/CK, MARKER,
  MAP, COUNSELLE.
• Ventana de Resultados En ella tendremos la
  salida de los resultados que obtendremos de los
  cálculos del programa.

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VENTANA DE PEDIGRÍ

• Dentro de cada fichero de Pedigrí contiene 8
  columnas por fila , siguen la siguiente
  configuración
• Columna Comentario
• 1 Número de pedigrí
• 2 Número personal, debe ser
  único
• 3 0 o el número personal del
  padre
• 4 0 o el número personal
  de la madre

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VENTANA DE PEDIGRÍ

• Dentro de cada fichero de Pedigrí contiene 8
  columnas por fila , siguen la siguiente
  configuración
• Columna Comentario
• 5 Sexo 1varón, 2mujer
• 6 Estado de enfermedad
  
• 0desconocido, 1saludable,
  2afectado

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VENTANA DE PEDIGRÍ

• Dentro de cada fichero de Pedigrí contiene 8
  columnas por fila , siguen la siguiente
  configuración
• Columna Comentario
• 7 Resultado del test
  FISH
• 0desconocido, 1neg,
  2pos
• 8 log(CK) o ratios de
• probabilidades para los valores CK
  (0..19)

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VENTANA DE PEDIGRÍ

• Aquí tenemos un ejemplo, a la izquierda tenemos
  la entrada del fichero de pedigrí y a la derecha
  los datos de la familia que queremos analizar
• 1 1 0 0 2 1 0 0
• 1 2 0 0 1 1 0 0
• 1 3 2 1 2 1 0 0
• 1 4 0 0 1 1 0 0
• 1 5 4 3 1 2 0 0
• 1 6 2 1 2 1 0 0
• 1 7 2 1 1 1 0 0

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VENTANA DE PARAMETROS

• Las ventanas de parámetro contienen hasta cinco
  plantillas
• GENERAL Parámetros generales (ratios de
  mutaciones, mosaico de ratios...)
• FISH/CK Ratios de supresión y detección de FISH,
  parámetros CK.
• MARKER Marcador parámetros, alelos de frecuencia
• MAP Mapa de frecuencias, foco de la enfermedad,
  parámetros iterativos
• COUNSELLE Selecciona counsellee del gráfico de
  pedigrí

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V. PARÁMETROS-V. GENERAL

• En la plantilla general podremos introducir
  diferentes valores así como cargar y guardar
  estos

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V. PARÁMETROS-V. GENERAL

• Incidence
• Incidencia de la Enfermedad
• Pt-Mutation
• Puntos de mutación para el ratio de mutación RR
  Hombre/Mujer
• Del-Mutation
• Ratio de mutación RR Hombre/Mujer para la
  eliminación
• Del/Pt-Mutation
• Eliminaciones/Ratio de Mutaciones
• Fem. Pt-Mut. Mos-R
• Ratio de mujeres que generan mosaicos germinales.

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V. PARÁMETROS-V. GENERAL

• Male Pt-Mut. Mos-R
• Ratio de hombres que generan mosaicos
  germinales.
• Fem. Gam. Pt-Mut. Mos-R
• Ratio de gametos con puntos de mutación en
  mujeres portadoras de mosaicos germinales.
• Male Gam. Pt-Mut. Mos-R
• Ratio de gametos con puntos de mutación en
  hombres portadores de mosaicos germinales
• Fem. Del. Mos-R
• Ratio de eliminaciones en mujeres que generan
  mosaicos germinales

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V. PARÁMETROS-V. FISH/CK

• La pestaña de FISH/CK sirve para introducir el
  ratio de supresión- detección en la prueba de la
  tecnología FISH (La tecnología FISH utiliza
  sondas de ADN marcadas con un fluoróforo para
  detectar o confirmar anomalías génicas o
  cromosómicas que generalmente están más allá de
  la capacidad de resolución de la citogenética de
  rutina.)

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V. PARÁMETROS-V. FISH/CK

• Dejar la casilla CK quantitative sin marcar si
  el pedigrí contiene los valores log(CK) en la
  columna 8, si no marcarla e introducir el valor
  de la distribución

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V. PARÁMETROS-V. MARKER

• La ventana de los marcadores genéticos, en
  primer lugar escaneara el pedigrí en busca de
  marcadores y en ese caso añadira una línea por
  cada marcador encontrado.
• Como máximo RISCALW permitirá 5 marcadores.
• Esta pantalla no aparece si no se encuentran
  marcadores.
• El número máximo de alelos de marcador
  encontrados en el pedigrí es automáticamente
  escrito en el control up/down.

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V. PARÁMETROS-V. MARKER
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V. PARÁMETROS-V. MAP

• Esta pantalla no es visible si no se encuentran
  marcadores o si todos los marcadores de la
  pantalla anterior no están seleccionados.

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V. PARÁMETROS-V. MAP

• El ratio de recombinación de los marcadores
  vendrá dado por un marcador adyacente y el valor
  del foco de la enfermedad, que son dados en la
  tabla Rec Rate.
• Si activamos la casilla Iterate Calculation
  tendremos que definir unos parámetros de entrada
  para los campos que acompañan en la plantilla
  (Valor Inicial, Tamaño de la muestra, Valor
  Final).

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VENTANA DE PARÁMETROS VENTANA DE COUNSELLE

• Esta ventana contiene un gráfico del pedigrí.
  Cada nodo en el gráfico muestra el tipo de
  persona y su número. Las parejas de las mujeres
  no se muestran. Símbolos usados

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VENTANA DE COUNSELLE

• Para calcular el riesgo para una persona
  específica, pinchar sobre el nodo de esa persona.
  Para las mujeres aparecen distintos tipos de
  riesgo, en los cuales podemos seleccionar el que
  nos interesa.

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PANTALLA DE RESULTADOS

• La ventana de resultados imprime los siguientes
  parámetros por pantalla
• gráfico de pedigrí
• valores actuales de los parámetros FISH/CK
• valores generales de los parámetros FISH/CK
• orden de los marcadores de foco de enfermedad
• frecuencias de los marcadores
• resultados del cálculo de riesgo.

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PANTALLA DE RESULTADOS

• Ejemplo de pantalla de resultado

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GRAFICO DE PEDIGRÍ

• Cada línea contiene datos de una persona
• El nivel de indentación corresponde a la
  generación.

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GRAFICO DE PEDIGRÍ

• Estructura de línea
• 1º Entrada
• Numero personal. Si hay pareja sigue en la
  próxima línea con un
• 2º Entrada
• Dos letras eventualmente seguidas de un signo de
  más o menos.
• Primera letra, código de sexo M (Hombre) o F
  (Mujer).
• Segunda letra, código de estado de la enfermedad
  
• U (Desconocido), H
  (Saludable), A (Infectado).
• Tercera letra, resultados de los códigos FISH
• Blanco Desconocido, - negativo,
  positivo.
• 3º Entrada
• log(CK) o ratio de probabilidades

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EJEMPLO 1

• Vamos a Calcular un pedigrí sin información
  adicional. El sujeto a analizar tiene un sobrino
  con DMD, que ya murió, y un hermano sano.

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EJEMPLO 2

• Vamos a Calcular un pedigrí con genotipos que
  tienen un marcador intragenetico.
• El sujeto a analizar ha heredado una copia del
  mismo Alelo sano que su madre y su hermano.

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EJEMPLO 2

• Las dos columnas añadidas serán interpretadas
  Como el marcador de genotipos.

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• Alguna Pregunta?

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• Francisco Gallego Carboneras