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Title:

Bioinformatics

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Bioinformatics (bioinformatics ... – PowerPoint PPT presentation

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Transcript and Presenter's Notes

Title: Bioinformatics


1
Bioinformatics
  • ???????????

2
??????????????????????
  • ??????????? (bioinformatics)
    ??????????????????????????????????????????????????
    ???????????????? ???????????????????, ??????,
    ????????????????????????????????.
    ?????????????????????????????????????????????????
    (computational science) ??????????????????????????
    ???????????????????????????????????????.
    ?????????????????????? ?????? ????????????????????
    ????????? (Human Genome Project),
    ??????????????????????????????????????????,
    ???????????????? ???????.

3
????????????????? Bioinformatics
  •   ????????????????????????????????????????????????
    ?????????? (biological database)
    ???????????????????????, ????????????????????
    (protein sequence), ??????????????? (protein
    structure), ????????????? (protein function),
    ?????????? (pattern/family), ????????????????
    (necleotide sequence) ???????. ???????????????????
    ??????????????????????????????????????????????????
    . ???????????? (Internet) ???????????????? (World
    Wide Web) ????????????????????????????????????????
    ??????????????????????????. ??????????????????????
    ??????????????????????????????????????????????????
    ??????????????????????????????.

4
??????????????????????????????????????????????? ?
  • ????????????????????????? ????????????????????
    ???? ????????????????????????? ????
    ??????????????????????????????????????????????????
    ????????????? ???????????????????????????????????
    ??? ????????????????????????? ???????????????????
    ??????????????? ??????????????????????????????????
    ??? ?????????????????????????????
    ?????????????????????????????????????? ??????
    ???????????????????? ?????????????????
    ???????????????? ?????????????????????????????????
    ???????????????????????? ?????????????????????????
    ?????????????????????? (???????)

5
  • Computer science Biological data

Bioinformatics
analysis
organized
Sequence analysis Gene mapping Evolutionary
history
DNA/Protein database
??????????????? bioinformatics
6
??????????????????????????? bioinformatics
DNA sequence file
Protein sequence file
Multiple Sequence Alignment
Multiple Sequence Alignment
Primer, Probe design
3D structure of DNA
Restriction map
Motif analysis
3D analysis
Hydrohilic profile
Phylogenetic analysis
Molecule Evolution
7
?????????????????????????????????????????????????/
????????
  • DNA sequence (?????????????????) ??????????????
    ????????? ???? mRNA, exon, intron
  • Amino acid sequence (??????????????) ?
    ?????????????????????????????????????????? eg.
    ?????????????????????????????????? microarray
  • Enzyme metabolic pathway? ?????????????????????
    ???????? metabolic pathway ???????????????????

8
????????????????????????????????????????????
??????????? 3 ???????????? ???
  • ???????? (DNA)
  • ???????????????? ???? ?????????? (Ribonucleic
    acid - RNA)
  • ?????? (Protein)

9
???????? (DNA)
  • DNA ?????????????????????????? ???????????????????
    ?
  • ??????????????-????????? ???????????????????????
    ?????????
  • ??????? ?????? ??, ?????, ???, ???????,
    ?????????, ????? ???????
  • ?????????????????????????????? ???????????????????
    ??? ?????
  • ?????????????????????????????????????????????
    ???????????
  • ??????????????????????????????????, ??????
    ??????????????
  • ???????????????????

10
?????????????????????????????? ???????????????????
?????????????????????????????????????????????????
????DNA ?????????????????? 4 ??? ??? A T C G
11
???????????????????? DNA
12
???????????????????????? ??????? DNA ??? A
?????? T ????????????????? 2 ????? ??? G ?????? C
????????????????? 3 ????? ?? RNA
???????????????????????? Polynucleotide
??????????????????????
13
???????????????? ???? ?????????? (Ribonucleic
acid - RNA)
  • RNA ?????????????????????????????????????????
    ???????????? ??????????????????????????????
  • ?????????????????????? ?????????????????????
    ?????????????????????? ???????????????????????????
    ???? ????????????? ???????????????????????????????
    ?????? ??????????????????????????
    ??????????????????????????????????????????
    ???????????????????? ?????????????????????????????
    ????? ???????????????

14
RNA ?????????????????????????????? RNA
?????????????????? 4 ??? ??? A U C G

15
???????????????????????????? RNA ??? DNA
16
?????? (Protein)
  • ????????????????????????????????????????????
    ???????????????????????????????????????
  • ?????????????? ????????? ?????????????????????????
    ??
  • ??????????????????????????????????????????????????
    ?????????????????
  • ????????????????????????????? 1 ?? 5
    ?????????????????

17
??????????????????
  • ???????????????????????????????????????????
    ?????????????
  • ???????????????????????? ??????????
  • ??????????????????????????????????????????????????
    ?
  • ?????????? ??? ?????? 1 ???? ???????????????? 4
    ????????
  • ????????????????????????????????????????

18
????????????????????????? (human genome)
  • ????????????????????????????????????????????
    (?????????????????????????????????? DNA)
    ?????????????????????????????????????????? ?
    ???????????????????????? ????????????????????????
    (?????????????????) ???? DNA ?????????????????????
    ?????????????

19
??????? ?????????????????????????
20
  • ????????????????????????????????????????????
    (?????????????????????????????????? DNA)
    ?????????????????????????????????????????? ?
    ???????????????????????? ????????????????????????
    (?????????????????) ???? DNA ?????????????????????
    ?????????????
  • ?????????????????????? ????? DNA
    ??????????????????? 2 ??? ?????????????????
    ?????????????????????????????? 4 ??????? A, T, G
    ??? C ????????? ?????????????? ???????????????????
    ????? ??????? DNA ???????????????????
    ????????????????????????????????
    ??????????????????????? ???????? (?????)
    ??????????????????????????????????? 23 ??????? 46
    ????

21
??????? ???????????????????????? Bioinformatics
22
???? ????????????????
  • ??????????????????????????????????????????????????
    ??????????????????????????? ??????????????????????
    ????????? ?????????? ?????? DNA
    ???????????????????????????????????? ?
    ???????????? ??????????????? ????????
    "?????????????" ?????????????? ???????????????????
    ?????? ?????? DNA ????????????????????????????????
    ????????????????????????????????
    ?????????????????? (gene) ???? ???????????? DNA
    ???????????? ????????????????????????????????????
    ??????????????????????????????????????
    ?????????????????????????????? ????????????????
    ?? DNA ???????????????????????????????????????
    3.1 ?????????????

23
?????????????????????????????????? ?
  • -??? ?????????????????????????????????
    ?????????????????? 3 ?????????????
    ??????????????????? 20 ???-???????? Drosophila
    ????????????????? 160 ?????????? ????????????? 4
    ???-?????????? C. elegans ????????????????? 100
    ??????????-????? S. cerevisiae ?????????????????
    12.5 ??????????-????????? E. coli
    ???????????????? ??????????????????????? 5
    ???????

24
??????????? bioinformatics
  • ????????????????????????????
  • ???????????????????????
  • ???????????????????????????????????
  • ????????????????????????????????????????
  • ?????????????????????????????????????????????????
    ?????????????????????????????????????
    ?????????????????????????
  • BCR-abl p53 (???????????????)

25
??????????? bioinformatics
  • ???????????????????? ???????? ????????????????????
    ????????????????????????? (human genome
    project ????????????? ? ?????????????????????????
    ??????/???????????????)
  • ????????????????????????/??????
    ?????????????????????????????? STI-571
    ??????????????????? protein kinase
    ???????????????????????? translocation ?????
    BCR-Abl ????? CML ?????????????????
  • ???????????????????????????????????????

26
??????????????
?????????????????????? (??????????????????????????
???????)
???????????????????
???????? 25 ????????????????????
???????? 75 ??????????????????????????????????
????????????????????????????????????
?????????????
???????????
??????????????????
???????????????
??????????????????
??????????????????????
???????????????
??????????????????????????????????
27
??????????????????????????????????????????
  • ??????????????????????????????????????????????????
    ???????????????????????? ???? ?????????
    ????????????????
  • ????????????????????????????????????????????????
    ???? ?????????????????????????????????????????????
    ??????
  • ?????????????????????????????????????????????
    ???? ????????????????????????? HIV

28
????????????????? Bioinformatics
  • ??????????????? ???? ???????? ???????????
  • ??????????????????????
  • ???????????????????????????????????????????? ????
    ???????? ???????????????????????
    ??????????????????? ?????????????? ?????? ???????
  • ??????????????????????????????????????
  • ??? BT (???? ??????? ??????????)

29
????????????????????????
30
??????????????
?????????????????????? (??????????????????????????
???????)
???????????????????
???????? 25 ????????????????????
???????? 75 ??????????????????????????????????
????????????????????????????????????
?????????????
???????????
??????????????????
???????????????
??????????????????
??????????????????????
???????????????
??????????????????????????????????
31
???????????????????????????????
32
??????????????????????
33
???????????????? ??????? ????????????
34
RFLP
35
RFLP
36
(No Transcript)
37
??????????????????????
???
???
???3
???1
???2
???3
???2
???1
38
?????????????????????????????????????????Bioinform
atics
  • Centrifugation
  • Electrophoresis
  • Polymerase Chain Reaction

39
Centrifugation ?????????????????????
??????????????????
  • ??????????????????????????????????????
    Bioinformatics

40
Centrifugation
  • ?????????? centrifugation
  • ?????????????????????????????????????????????????
    ?????????????????
  • ?????????????????????????????????????????????????
    ??????????

41
Electrophoresis
  • ??????????????????????????????????????????

42
Electrophoresis
  • ?????????? electrophoresis
  • ??????????????????????????????
  • ??????????????????????????????????????????????????
    ??
  • ??????????????????????????????????????????????????
    ???????????????????
  • ????????????????????????????????????????

43
Polymerase Chain Reaction ??????????????????????
??????????????????????????????????????
Bioinformatics
44
??????????????????
  • ????????????????? ???????????????? 3 ??????
    ??????
  • 1. ????????? (database) ????????????????????????
    ??????????????????????????????? ????????
  • 2. ??????????? (algorithm) ?????????????????????
    ?????????????????????????????? ???????????????????
    ??????????
  • 3. ???????????????? (tools) ????????????????????
    ????????????????????????????????????????????????
    ???????????????????????????????????????
    ????????????????????????????? ????????????????????
    ?? ????????????????????? ?

45
  • ???????????????????????????????
    ?????????????????????????????????????????
    ??????????????????????????????????????????????????
    ??? ????????????????????????????????????? ????
    ????????????????????????????????????????? 
    ???????????? Bioinformatics ??????????????????????
    ??????????????????????????? ??????????????????????
    ????????????????????????????????
    ??????????????????????????????????????????????????
    ?????????????????????????????????????????
    ??????????????????????????????????????????????????
    ???????????? ????????????????????????????????????
    ??????????????????????????????????????????????????
    ???????????????? ????????????????????????????
    Bioinformatics ?????????????????????????????
    ??????????????????????????????????????????????????
    ????????????

46
?????
  • ??????????????????????????????Bioinformatics

47
????
  • ???????? Bioinformatics ?????????????????????
    ???????????????????????????? ????
    ??????????????????? ??????????????????????????????
    ???????? ?????????????????????????
    ??????????????????????????????????
    ?????????????????????????????????????
    ???????????? Bioinformatics ??????????????????????
    ???????????????? ?????? ????????????????????
    ????????????????? ????????????????

48
  • ???????????
  • ???
  • ????? ?????
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