CLASSIFICATION VIRALE

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CLASSIFICATION VIRALE
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Règles de taxonomie

• International Committee on Taxonomy of viruses
  (ICTV)
• Règles
• acide nucléique 
• type 
• nombre de chaînes 
• caractéristiques génomiques 
• segmentation 
• polarité du RNA 
• stratégies de réplication et de transcription.

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Règles de taxonomie (2)

• Taxon  suffixe 
• Ordre  -virales
• Famille  -viridae
• sous-famille  -virinae
• genre  -virus
• espèce
• exemple chez les virus animaux
• acide nucléique RNA monocaténaire négatif
• ordre Mononegavirales
• famille Paramyxoviridae
• sous-famille Paramyxovirinae
• genre morbillivirus espèce virus de la
  rougeole

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Présentation des famillesde virus
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Les catégories sous-espèces

• Souches
• selon caractères biochimiques ou biologiques
• variants
• idem
• sérotypes propriétés antigéniques
• antigènes de groupe protéines de capside
  internes
• antigènes de type protéines de capside externe,
  glycoprotéines denveloppe

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VIRUS A DNA BICATENAIRE
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POXVIRIDAE

• Exemples
• Chordopoxvirinae
• Orthopoxvirus vaccine
• Parapoxvirus stomatite papuleuse bovine
• Avipoxvirus variole aviaire
• Capripoxvirus clavelée, dermatose nodulaire
• Leporipoxvirus myxomatose
• Suipoxvirus variole du porc
• Propriétés
• affections cutanées et/ou généralisées les
  varioles
• résistance extrême dans le milieu extérieur

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INVERSEE
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ASFARVIRIDAEVIRUS DE LA PESTE PORCINE AFRICAINE

• Proche des Iridoviridae (virus dinsectes et de
  vertébrés grenouille et poissons)
• très complexe
• cycle viral apparenté à celui des Poxviridae
• transmission par des acariens
• tiques du genre Ornithodoros

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HERPESVIRIDAE

• Exemples sous-familles
• Alphaherpesvirinae IBR, maladie dAujeszky
• Betaherpesvirinae cytomégalovirus
• Gammaherpesvirinae coryza gangreneux,
  BoHV-4, EHV-2, EHV-5
• Propriétés
• latence, réactivation, réexcrétion
• tropisme
• Alphaherpesvirinae épithéliums - SN
• Betaherpesvirinae macrophages
• Gammaherpesvirinae cellules mononucléées

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Herpèsvirus T 16
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Herpèsvirus T 16 (150 hexamères, 12 pentamères)
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species Bovine herpesvirus 1 (BoHV-1)
family Herpesviridae subfamily
Alphaherpesvirinae genus Varicellovirus
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Groupe
Isomères
LTR
RTR
1
A
B
1
R3
R1
R2
R4
C
1
UL
US
IR
TR
D
2
UL
US
c a
b an c
an
E
4
F
1
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ADENOVIRIDAE

• Exemples
• genre Mastadénovirus
• canine adenovirus 1 hépatite infectieuse canine
• genre Aviadenovirus
• egg drop syndrome ou maladie des oeufs hardés
• Propriétés
• tropisme respiratoire et digestif
• les affections graves sont rares

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Adenoviridae Mastadenovirus
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Adénovirus
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POLYOMAVIRIDAE

• Exemples
• SV 40 (Simian virus 40), virus JC humain, virus
  de la néphrite-entérite hémorragique de loison
  (NEHO)
• Propriétés
• Multiplication intranucléaire
• DNA épisomal

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PAPILLOMAVIRIDAE

• Exemples
• Papillomavirus (virus des verrues)
• chez de nombreuses espèces animales
• Propriétés
• pas de culture in vitro possible
• multiplication in vivo dépendante du stade de
  différenciation terminal des kératinocytes
• Intégration possible du DNA (cancer du col utérin)

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VIRUS A DNA MONOCATENAIRE
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CIRCOVIRIDAE

• Exemples
• maladie de lamaigrissement du porcelet
• anémie du poulet
• Propriétés
• petit virus résistant à ADN monocaténaire
  circulaire
• dépendance de la phase S du cycle cellulaire

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PARVOVIRIDAE

• Exemples genre Parvovirinae
• parvovirose canine
• panleucopénie féline
• Parvovirus humain B19
• Propriétés
• dépendance de la phase S et G2 du cycle
  cellulaire
• grande résistance dans le milieu extérieur

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VIRUS A DNA ET RNA POSSEDANT UNE TRANSCRIPTASE
INVERSE
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HEPADNAVIRIDAE

• Exemples
• genre Avihepadnavirus hépatite du canard
• genre Orthohepadnavirus hépatite B humaine
• Propriétés
• présence de transcriptase inverse
• intégration possible de séquences virales dans le
  DNA cellulaire (carcinomes hépatocellulaires)

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RETROVIRIDAE

• Exemples
• Alpharétrovirus (aviaires de type C leucose
  aviaire)
• Betarétrovirus (de mammifères de type D)
• Gammarétrovirus de mammifères de type C FeLV,
  BLV
• Deltarétrovirus
• Epsilonretrovirus
• Lentivirus HIV, BIV, FIV
• Spumavirus
• Propriétés
• dépendance du cycle cellulaire
• intégration du provirus
• infections persistantes / lentes

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ENVELOPPE gp70 p15e MATRICE
p12 CAPSIDE p10 p15c p27 ARN
diploïde transcriptase inverse
Virus de la leucose féline
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FIV
FeLV
FeSV
HIV
SIV
MVV
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VIRUS A RNA BICATENAIRE
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REOVIRIDAE

• Exemples
• Orthoreovirus reovirus
• Orbivirus fièvre catarrhale ovine, peste
  équine
• Rotavirus gastro-entérites néonatales
• Propriétés
• virus à génome segmenté
• rotavirus tropisme pour les entérocytes du
  sommet des villosités intestinales
• orbivirus plusieurs sérotypes, arbovirus

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BIRNAVIRIDAE

• Exemples
• Aquabirnavirus nécrose pancréatique
  infectieuse des salmonidés
• Avibirnavirus maladie de Gumboro
• Propriétés
• virus segmenté (deux segments)

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VIRUS A RNA MONOCATENAIRE NEGATIF
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ORDRE MONONEGAVIRALES
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BORNAVIRIDAE

• Exemple
• Virus de la maladie de Borna
• Propriétés
• Encéphalite chez le cheval et le mouton
• Famille avec un seul virus

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FILOVIRIDAE

• Exemples
• virus de Marburg
• virus Ebola Reston
• virus Ebola Soudan
• virus Ebola Zaïre
• Propriétés
• fièvres hémorragiques

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Filovirus
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PARAMYXOVIRIDAE

• Propriétés
• Paramyxovirus infection respiratoire antérieure
• Morbillivirus
• tropisme pour les cellules mononucléées
  sanguines, les épithéliums et le système nerveux
  central
• virémie primaire / virémie secondaire
• Rubulavirus
• maladie généralisée (oreillons)
• Pneumovirus
• virus strictement respiratoire
• réactions immunopathologiques

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PARAMYXOVIRIDAE

• Exemples sous-familles
• Paramyxovirinae
• Respirovirus parainfluenza
• Morbillivirus maladie de Carré, peste bovine
• Rubulavirus maladie de Newcastle, autres
  paramyxovirus aviaires, virus des oreillons
• Pneumovirinae
• Pneumovirus virus respiratoire syncytial humain
• Metapneumovirus rhinotrachéite du dindon
• Nouveau genre possible virus de Hendra
  (équidés)

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Mononegavirales Paramyxoviridae Paramyxovirinae Re
spirovirus
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67
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Mononegavirales Paramyxoviridae Pneumovirinae Pneu
movirus
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Paramyxovirus
70
Morbillivirus
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La nucléocapside figures

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RHABDOVIRIDAE

• Exemples
• Vesiculovirus virus de la stomatite
  vésiculeuse
• Lyssavirus virus de la rage
• Ephemerovirus fièvre éphémère bovine
• Novirhabdovirus virus de la nécrose
  hématopoïétique infectieuse (salmonidés)
• Propriétés
• pénétration par lésion de l épithélium morsure
  ou piqûre par arthropode
• rage tropisme nerveux

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Rhabdovirus
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ORTHOMYXOVIRIDAE

• Exemples
• Influenza A, B virus des grippes humaine,
  porcine, équine, peste aviaire
• Influenza C
• Propriétés
• génome segmenté hémagglutinine, neuraminidase
• dérive et cassure antigénique
• tropisme respiratoire, dissémination locale
• virémie rare, sauf pour le virus influenza
  aviaire

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BUNYAVIRIDAE

• Exemples
• Bunyavirus
• Hantavirus zoonose
• Nairovirus maladie de Nairobi chez le mouton
• Phlebovirus fièvre de la vallée du Rift
• Propriétés
• arbovirus
• double cycle persistance dans larthropode

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ARENAVIRIDAE

• Exemples
• Arenavirus virus de la chorioméningite
  lymphocytaire chez la souris virus de la fièvre
  de Lassa
• Propriétés
• infection persistante, asymptomatique
• virémie chronique
• fièvre hémorragique chez lhomme

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VIRUS A RNA MONOCATENAIRE DE POLARITE POSITIVE
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PICORNAVIRIDAE

• Exemples
• Enterovirus
• Teschovirus polioencéphalomyélite du porc
• Rhinovirus
• Hepatovirus virus de lhépatite A
• Cardiovirus virus de lencéphalomyocardite
• Aphtovirus virus de la fièvre aphteuse
• Propriétés
• très résistants
• cytolytiques
• souvent maladies généralisées

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Sérotypes A, O, C SAT1, SAT2, SAT3, Asia 1
VP4 VP2 VP3 VP1 PROTEASE VPg PROTEASE
ARN-POLYMERASE
(Thiry, 2000)
88
IRES
89
VP2
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92
picornavirus
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CALICIVIRIDAE

• Exemples
• calicivirus du chat
• exanthème vésiculeux du porc disparu
• maladie hémorragique du lapin
• Propriétés
• cytolyse intense
• généralisation de linfection possible

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95
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96
ASTROVIRIDAE

• Exemples
• astrovirus bovins
• astrovirus humains
• astrovirus chez le porc, le mouton et le canard
• Propriétés
• petit virus à RNA monocaténaire positif
• virus entérique

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NODAVIRIDAE

• Exemple
• Virus de la nécrose nerveuse du bar
• Deux genres
• Alphanodavirus virus dinsectes
• Betanodavirus virus de poissons
• Propriétés
• RNA monocaténaire positif
• 2 segments de RNA linéaires

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ORDRE NIDOVIRALES

• Coronaviridae
• Arteriviridae

99
CORONAVIRIDAE

• Exemples
• coronavirus entériques
• péritonite infectieuse féline
• bronchite infectieuse aviaire
• torovirus
• Propriétés
• tropisme digestif entérocytes différenciés
• évolution vers tropisme respiratoire et maladie
  généralisée

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ARTERIVIRIDAE

• Exemples
• Lactate-dehydrogenase virus
• syndrome dysgénésique et respiratoire porcin
• artérite virale équine
• Propriétés
• émergence récente du SDRP
• portage chronique du virus de lartérite équine
• tropisme macrophages

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FLAVIVIRIDAE

• Exemples
• genre Flavivirus louping-ill, Wesselsbron
• genre Pestivirus BVD, PPC, Border disease
• genre hépativirus hépatite C
• Propriétés
• Flavivirus encéphalites transmises par des
  arthropodes
• Pestivirus immunotolérance

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107
Erns
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TOGAVIRIDAE

• Exemples
• genre Alphavirus encéphalites équines
• genre Rubivirus rubéole
• Propriétés
• encéphalites transmises par les moustiques
• virémie primaire puis secondaire

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Les agents sous-viraux

• Viroïdes
• petit RNA circulaire nu
• 200 à 400 nucléotides
• pathogènes de plantes
• virus satellites
• virus de lhépatite delta
• requiert HBV comme virus helper
• séquence de RNA partiellement comme viroïde
• les prions, agents transmissibles non
  conventionnels

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Viroïde
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DELTAVIRUS

• Exemple
• Virus de lhépatite delta
• Propriétés
• virus défectif
• requiert les fonctions helpers du virus de
  lhépatite B ou de lhépatite du canard
• virus à RNA monocaténaire circulaire
• partie de génome ressemblant à un viroïde

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PrPsc
PrPc
120
Histopathologie
Immunocytochimie