CARACTERIZACIN DE GENOMAS COMPLETOS DE VIH1: IDENTIFICACIN DE CLUSTERS FILOGENTICOS Y RECOMBINANTES

1
CARACTERIZACIÓN DE GENOMAS COMPLETOS DE VIH-1
IDENTIFICACIÓN DE CLUSTERS FILOGENÉTICOS Y
RECOMBINANTES INTRA E INTERSUBTIPO EN PANAMÁ

• Sara Ahumada-Ruiz, Dario Flores Figueroa, Iván
  Toala González y Miguel Thomson
• Centro Nacional de Microbiología
• Instituto de Salud Carlos III
• Majadahonda (Madrid)

2
ÁRBOL DE SECUENCIAS DE SUBTIPO B EN PR-TI DE
PANAMÁ
DISTRIBUCIÓN GEOGRÁFICA DE MUESTRAS Y CLUSTERS EN
PANAMÁ
30 (24)
96 (76)
Panamá Oriental
Panamá Occidental
45
2
40
35
30
25
39
20
15
4
9
10
6
1
9
1
5
6
5
4
4
3
0
B-PA1
B-PA2
B-PA3
B-PA4
B-PA5
B-PA6
B-PA7
Panamá Oriental
Panamá Occidental
El cluster B-PA1 está asociado significativamente
con Panamá Oriental y los clusters B-PA2 y B-PA4
con Panamá Occidental. (plt0.05, Test Exacto
de Fisher).
3
Obtención de secuencias de genomas completos de
VIH-1
Plasma
ARN
Extracción
Nuclisens
RT
ADNc
5
3
PCR anidada
A
B
C
D
Purificación (Exonucleasa Fosfatasa Alcalina)
Secuenciación (ABI Prism BigDye Terminator Cycle)
4
ÁRBOL DE SECUENCIAS DE GENOMAS COMPLETOS DE PANAMÁ
100
C 92 BR025
-
d
C 92 BR025
C 92 BR025
C 86 ETH2220
C 86 ETH2220
C 86 ETH2220
C 86 ETH2220
D NDK M27323
100
D NDK M27323
D NDK M27323
100
D NDK M27323
D ELI
D ELI
D ELI
D ELI
B WEAU160
B WEAU160
B WEAU160
100
86
86
PA 145
PA 145
B
-
PA7
PA 78
PA 78
PA 25
PA 25
B HXB2
B JRFL
PA 71
PA 71
PA 71
PA 71
76
76
PA 34
PA 34 (PA-1)
100
PA 73
PA 73
PA 73
PA 73
PA 59
100
PA 59
100
B
-
PA2
B
-
PA2
PA 204
PA 204
PA 204
PA 204
100
100
PA 216
100
PA 216
PA 216
100
PA 216
100
100
PA 149
96
PA 149
PA 149
96
PA 149
PA 140
PA 140
PA 140
PA 140
PA 214
PA 214
PA 214
PA 214
100
100
PA 79
PA 79
PA 79
PA 79
PA 201
PA 201
PA 201
PA 201
PA 144
PA 144
PA 144
PA 144
B
-
PA1
B
-
PA1
80
PA 212
PA 212
PA 212
PA 212
PA 80
PA 80
PA 80
PA 80
Subtipo B
Subtipo B
PA 203
PA 203 (PA-5)
PA 105
PA 105
PA 105
PA 105
97
97
PA 68
100
PA 68
PA 68
100
PA 68
PA 8
PA 8 (PA-1)
100
60
100
60
PA 132
PA 132
PA 132
PA 132
B
-
PA3
B
-
PA3
PA 61
PA 61
PA 61
PA 61
100
100
PA 57
97
PA 57
PA 57
97
PA 57
B
-
PA5
100
B
-
PA5
100
100
100
PA 55
PA 55
PA 55
PA 55
100
100
PA 35
PA 35
PA 35
PA 35
88
88
B
-
PA3
B
-
PA3
PA 74
PA 74
PA 74
PA 74
PA 21
PA 21
PA 21
PA 21
B
-
PA6
B
-
PA6
PA 47
PA 47
PA 47
PA 47
99
99
PA 130
100
PA 130
PA 130
100
PA 130
PA 63
PA 63
PA 63
PA 63
PA 65
PA 65
PA 65
PA 65
100
100
B
-
PA4
B
-
PA4
PA 205
PA 205
PA 205
PA 205
100
100
PA 87
PA 87
100
100
PA 103
PA 103
100
100
B RF
PA 10
75
PA 10
PA 10
75
PA 10
K MP535
K MP535
K MP535
K MP535
K EQTB11C
K EQTB11C
K EQTB11C
K EQTB11C
100
100
F2 MP255
F2 MP255
F2 MP255
F2 MP255
100
100
F2 MP257
100
F2 MP257
F2 MP257
100
F2 MP257
F1 MP411
F1 MP411
F1 MP411
F1 MP411
100
100
F1 93BR020
F1 93BR020
F1 93BR020
F1 93BR020
100
100
PA 39
PA 39
98
98
12 BF A32989
12 BF A32989
12 BF A32989
12 BF A32989
97
97
12 BF ARMA159
12 BF ARMA159
CRF12_BF
12 BF ARMA159
12 BF ARMA159
CRF12_BF
100
100
12 BF URTR23
12 BF URTR23
12 BF URTR23
12 BF URTR23
100
100
12 BF URTR35
96
12 BF URTR35
12 BF URTR35
96
12 BF URTR35
100
100
H VI997
H VI997
H VI997
H VI997
H 056
H 056
H 056
H 056
J SE7022
J SE7022
J SE7022
J SE7022
J SE7887
J SE7887
J SE7887
J SE7887
100
100
G SE6165
G SE6165
G SE6165
G SE6165
G 92NG083
G 92NG083
G 92NG083
G 92NG083
100
100
A2 94CY017
A2 94CY017
A2 94CY017
A2 94CY017
A2 97CDKTB48
100
A2 97CDKTB48
A2 97CDKTB48
100
A2 97CDKTB48
100
100
PA 15
PA 15
02 AG 97GHAG1
02 AG 97GHAG1
02 AG 97GHAG1
02 AG 97GHAG1
100
100
02 AG 97CM MP807
99
02 AG 97CM MP807
02 AG 97CM MP807
99
02 AG 97CM MP807
CRF02_AG
84
84
02 AG SE7812
02 AG SE7812
02 AG SE7812
02 AG SE7812
81
81
02 AG IBNG
02 AG IBNG
02 AG IBNG
02 AG IBNG
02 AG DJ263
02 AG DJ263
02 AG DJ263
02 AG DJ263
100
A3 DDJ369
A3 DDJ369
A3 DDJ369
A3 DDJ369
100
100
A3 DDJ360
A3 DDJ360
A3 DDJ360
A3 DDJ360
A3 DDJ579
A3 DDJ579
A3 DDJ579
A3 DDJ579
100
100
A1 92UG037
A1 92UG037
A1 92UG037
A1 92UG037
A1 SE7253
A1 SE7253
A1 SE7253
A1 SE7253
100
100
0.1
0.1
5
ANÁLISIS DE RECOMBINANTES INTRA E INTERSUBTIPO
PA_34
PA_8
100
100
A)
100
100
90
90
90
90
80
80
80
80
70
70
B
-
PA1
B
-
PA1
70
70
B
-
PA1
B
-
PA1
B
-
PA2
B
-
PA2
B
-
PA5
B
-
PA5
60
60
C
C
60
60
B
-
PA6
B
-
PA6
H
H
C
C
50
50
50
50
H
H
40
40
40
40
30
30
30
30
20
20
20
20
10
10
10
10
0
0
0
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
PA_203
100
100
90
90
80
80
70
70
B
-
PA1
B
-
PA1
B
-
PA5
B
-
PA5
60
60
C
C
H
H
50
50
40
40
30
30
20
20
10
10
0
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
PA_39
PA_15
100
100
100
100
B)
90
90
90
90
80
80
80
80
70
70
CRF12_BF
CRF12_BF
70
70
B
B
60
60
C
C
A3
A3
60
60
H
H
CRF02_AG
CRF02_AG
50
50
C
C
50
50
H
H
40
40
40
40
30
30
30
30
20
20
20
20
10
10
10
10
0
0
0
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
7.000
6.000
5.000
4.000
3.000
2.000
1.000
0
6
CONCLUSIONES

• La epidemia de VIH-1 de Panamá está dominada por
  el subtipo B, en el que una mayoría de virus
  agrupa en clusters filogenéticos bien definidos,
  algunos de ellos con asociaciones geográficas,
  los cuales han sido confirmados mediante análisis
  de genomas completos.
• Dichos análisis han permitido establecer las
  relaciones de 5 de los 7 clusters de subtipo B de
  Panamá con virus de Sur y Norteamérica.
• Los análisis mediante bootscanning de genomas
  completos han permitido identificar formas
  genéticas inter e intrasubtipo en Panamá
• Los resultados de este estudio apoyan la
  importancia de analizar genomas completos de
  VIH-1, que proporciona información adicional
  sobre el origen y propagación epidémica de los
  virus, y permite la identificación y
  caracterización de formas recombinantes intra e
  intersubtipo, lo cual podria tener implicaciones
  para estudios epidemiológicos y biológicos del
  VIH-1.

7
(No Transcript)