CHMI 4206 Bioinformatique appliqu - PowerPoint PPT Presentation

Loading...

PPT – CHMI 4206 Bioinformatique appliqu PowerPoint presentation | free to download - id: 82d0a7-ZjMxZ



Loading


The Adobe Flash plugin is needed to view this content

Get the plugin now

View by Category
About This Presentation
Title:

CHMI 4206 Bioinformatique appliqu

Description:

CHMI 4206 Bioinformatique appliqu e Prof: Eric R. Gauthier, Ph.D. D partement de chimie et biochimie Universit Laurentienne G nomique 3: - applications majeures ... – PowerPoint PPT presentation

Number of Views:52
Avg rating:3.0/5.0
Slides: 30
Provided by: docc152
Learn more at: http://www.cellbiochem.ca
Category:

less

Write a Comment
User Comments (0)
Transcript and Presenter's Notes

Title: CHMI 4206 Bioinformatique appliqu


1
CHMI 4206 Bioinformatique appliquée
  • Prof Eric R. Gauthier, Ph.D.
  • Département de chimie et biochimie
  • Université Laurentienne

Génomique 3 - applications majeures du projet
génome - les surprises du projet génome - le
futur immédiat de la génomique
2
Projet génome - SNPs
  • Linformation obtenue suite au séquençage du
    génome humain révéla la présence de millions de
    différences ponctuelles de séquence entre
    individus.

3
Projet génome - SNPs
  •  single nucleotide polymorphisms  - SNPs
    (snips)
  • Changements de la séquence
  • Région non-codante
  • Dans 5 ou 3 non-traduit
  • En 5 (i.e. promoteur) ou 3 dun gène
  • Dans les introns
  • Entre deux gènes
  • Région codante
  • Modifie un codon e.g. ATG ? TTG Met?Leu
  • Pas de changement de signification du codon
  • e.g. CCA ? CCT Pro ? Pro

4
Projet génome - SNPs
  • Ces SNPs sont importants, car ces variations
    peuvent potentiellement
  • Si dans la région codante changer la
    signification de codons et, donc, altérer la
    fonction dune protéine
  • Si dans la région non-codante modifier la façon
    selon laquelle un géne particulier sera allumé ou
    éteint

5
Projet génome - SNPs
Lexpression de ces gènes est modifiée par la
présence de SNPs
6
Projet génome - SNPs
  • En changeant la fonction/régulation de gènes, les
    SNPs sont donc responsables des variations
    individuelles de notre phénotype
  • Taille, couleur de la peau, forme du visage, etc
  • Mais aussi les SNPs pourraient contribuer à
    certaines maladies
  • SNPs associés directement à des maladies
  • SNPs augmentant la probabilité de développer une
    maladie

7
Projet génome - SNPs
  • Projet HapMap
  • Vise à définir les principales  saveurs  des
    SNPs distribuées dans la population
  • Cette base de données constitue un outil
    important afin de déterminer la relation entre
    certains SNPs et une maladie.

8
(No Transcript)
9
Projet génome - SNPs
  •  Genome Wide Association Studies 
  • Études visant à analyser la présence de
    variations de séquence du génome entre population
    saine et population affectée par une maladie
    (p.ex diabète)
  • Ces études ne visent pas nécessairement à
    découvrir de nouvelles mutations de gènes, mais
    plutôt lensemble des variations de séquence
    associées à une maladie

10
Projet génome - SNPs
  •  Genome Wide Association Studies 

11
(No Transcript)
12
Surprises du projet génome- régions
ultraconservées
13
Surprises du projet génome- régions
ultraconservées
14
Surprises du projet génome- régions
ultraconservées
15
Surprises du projet génome- Variations du nombre
de copies de gènes
16
Surprises du projet génome- Variations du nombre
de copies de gènes
17
Futur immédiat de la génomique
  • Problèmes majeurs du séquençage  classique  du
    génome humain
  • Donne que peu dinformation sur les variations
    individuelles de la séquence/structure du génome
  • Long à compléter
  • Très dispendieux
  • Technologie nest pas à la portée de petits labos

18
Nouvelles méthodes de séquençage
  • Aka  next generation sequencing  - NGS
  • Ces dernières années deux nouvelles approches
    pour le séquençage du génome humain ont vu le
    jour
  • Polony sequencing (aka 454 sequencing)
  • Bridge PCR (aka Solexa/Illumina sequencing)

19
454 sequencing
1) Amplification
volume 26 number 10 OCTOBER 2008 nature
biotechnology
https//www.msu.edu/course/css/451/Lecture/201020
CSS2045120sequencing20lecture.pdf
20
454 sequencing
http//www.life.umd.edu/classroom/bsci410-liu/BSCI
410-S09/Lecture8.pdf
2) Séquençage
volume 26 number 10 OCTOBER 2008 nature
biotechnology
21
454 sequencing
NATURE METHODS VOL.5 NO.1 JANUARY 2008 11
22
Illumina sequencing
1) Amplification
2) Séquençage
volume 26 number 10 OCTOBER 2008 nature
biotechnology
23
Illumina sequencing
volume 26 number 10 OCTOBER 2008 nature
biotechnology
24
Illumina sequencing
volume 26 number 10 OCTOBER 2008 nature
biotechnology
25
Illumina sequencing
1) Amplification
2) Séquençage
volume 26 number 10 OCTOBER 2008 nature
biotechnology
26
Nouvelles technologies de séquençage
27
Nouvelles technologies de séquençage
28
Nouvelles technologies de séquençage
29
Nouvelles technologies de séquençage
nature biotechnology volume 26 number 10 OCTOBER
2008
About PowerShow.com