Apport%20du%20laboratoire%20dans%20le%20diagnostic%20et%20le%20traitement%20des%20infections

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Apport du laboratoire dans le diagnostic et le
traitement des infections

• Le prélèvement.
• Lexamen au laboratoire.
• Les relations entre le laboratoire et le service
  demandeur.

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Le prélèvement conditions générales (1)

• dans les règles de soins et dhygiène
• avant ladministration dantimicrobiens.
• le plus tôt possible dans le processus infectieux
• -au plus près du foyer initial (ou des lésions
  secondaires )
• -éventuellement au niveau de la porte
  dentrée et sur les voies d excrétion.

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Le prélèvement conditions générales (2)

• quantité la plus importante possible de matériel.
• méthodes différentes selon les micro-organismes
  recherchés, les organes à prélever, le type des
  lésions, lenjeu du diagnostic.

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Le prélèvement conditions générales (3)

• éviter la contamination des prélèvements
• (bactéries de lenvironnement et bactéries
  commensales)
• -gt respect des règles dhygiène
• -gt matériel stérile à usage unique.
• -gt dispositifs spéciaux
• -gt décontamination de la surface à prélever

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Le prélèvement conditions de recueil

• dans un récipient
• stérile, à usage unique
• étanche et fermé hermétiquement
• identifié nom et prénom du malade,
• nature et site du
  prélèvement.
• date et heure du prélèvement.
• introduit dans un sac plastique étanche et fermé
  hermétiquement

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Le prélèvement conditions de transport (1)

• idéalement prélèvement effectué au laboratoire.
• si transport de lt 30 mm pour les petits
  échantillons ou de lt 2 heures pour les autres
  tube sec stérile.
• si transport de gt 2 heures
• inoculation dans un flacon dhémoculture
  anaérobie et dans un tube sec stérile.
• conservation - tube stérile à 4C
• - flacon à 37C (ou t
  ambiante)
• si transport de gt24 heures milieu de transport
  type Portagerm
• sauf échantillons respiratoires et LCR

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Le prélèvement conditions de transport (2)

• cas spéciaux nécessitant la congélation du
  prélèvement recherche de
• 
  - virus enveloppés,
• 
  - Bartonella
• contacter le laboratoire avant de prélever
• 
  

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Le prélèvement refus d analyse

• échantillons
• reçus dans des récipients non étanches
• mal conservés
• non étiquetés
• inappropriés aux analyses prescrites
• même type d échantillon quun échantillon reçu
  le même jour (sauf hémoculture, LCR ou en cas
  d aggravation de la situation clinique).

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Examen au laboratoire

• Diagnostic direct mise en évidence de lagent
  infectieux
• Diagnostic indirect mise en évidence de la
  réaction de lorganisme à la multiplication de
  lagent infectieux
• sérologie

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Les étapes de l examen bactériologique classique

• ? examen microscopique
• ? culture
• ? tests de sensibilité aux antibiotiques

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L examen microscopique (1)

• effectué directement sur le prélèvement,
• à létat frais et après coloration de Gram (ou
  autreex, Z. Neelsen)
• résultats le jour même du prélèvement
• détecte la présence de
• - bactéries (si suffisamment
  nombreuses)
• - polynucléaires neutrophiles

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L examen microscopique (2) les bactéries

• flore polymorphe ou monomicrobienne
• cocci ou bacilles, mobiles ou non
• Gram ou Gram -
• -gt indications pour le choix des milieux à
  ensemencer
• -gt base pour interprétation du résultat des
  cultures.
• -gt indications pour la mise en place du
  traitement

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Coloration de Gram cocci à gram positif
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Coloration de Gram bacilles à Gram négatif
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L examen microscopique (3) les polynucléaires
neutrophiles

• la présence de polynucléaires neutrophiles
  altérés est en faveur dune infection
  bactérienne.
• cas des liquides de ponction recherche par
  coloration cytologique (May Grunwald Giemsa)

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La culture (1)

• sur différents milieux solides , liquides,
  enrichis , sélectifs , en aérobiose et parfois en
  anaérobiose.
• colonies en milieu solide et trouble en milieu
  liquide
• isolement impératif pour distinguer les
  différentes espèces présentes.
• certaines espèces requièrent des milieux et des
  conditions de
• mise en culture spéciaux (mycobactéries,
  Rickettsies, Chlamydia).

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La culture (2)

• résultats obtenus habituellement en 24 heures
• ( mais parfois plusieurs jours ou semaines
  selon les bactéries).
• -gt permet de faire
• la détection des bactéries qui nont pas été
  observées à lexamen microscopique.
• lappréciation quantitative des bactéries
  présentes.
• l identification des différentes espèces et si
  nécessaire lantibiogramme.

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L identification de la culture (1)

• effectuée par étude des caractères culturaux
  et biochimiques
• avec des trousses d identification
  commercialisées (gammes API)
• habituellement en quelques heures ( 24 heures
  ou moins )

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L identification de la culture (2) cas des
bactéries à croissance lente et/ou difficile

• -gt étude des caractères génotypiques
• hybridation avec des sondes spécifiques
• en utilisant des trousses commercialisées (ex
  sonde pour mycobactéries),
• résultats en quelques heures .

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Test de sensibilité aux antibiotiques

• effectué par la technique de lantibiogramme
• résultats en 24 h.
• -gt aide à la mise en place du traitement
  spécifique
• -indispensable en cas
  déchec du traitement ou de rechute.
• - utile pour les espèces
  concernées par la résistance acquise
• résistance naturelle partagée par toutes les
  souches d une même espèce.
• résistance acquise concerne seulement
  certaines souches de l espèce.

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Techniques de détection rapide

• 1. recherche d antigènes solubles.
• 2. amplification génique.

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Recherche d antigènes solubles

• dans les urines, le LCR .
• en utilisant des anticorps connus, spécifiques de
  la bactérie recherchée
• résultats rapides (1 à 2 heures)
• pour
• des infections à bactéries de croissance
  difficile (légionelle,pneumocoque)
• des infections décapitées (méningite)
• limites manque de sensibilité

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Amplification génique

• principe multiplier le génome (une fraction
  spécifique) de la bactérie sans multiplier la
  bactérie
• diverses techniques dont la PCR
• intérêt rapidité (1 journée) et sensibilité
  (sauf BK)
• pour la mise en évidence directement dans le
  prélèvement de bactéries à croissance lente ou
  /et difficile (et de nombreux virus)
  
• quand des trousses sont disponibles dans la
  commerce

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Relations entre le laboratoire et le service
demandeur

• le service clinique doit fournir les
  renseignements utiles à la qualité de l analyse
  éléments cliniques, traitements pouvant
  interférer dans l analyse, contexte
  épidémiologique
• linterprétation des résultats et lélaboration
  de la stratégie thérapeutique doivent être faites
  après confrontation des résultats avec les
  données cliniques.

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La sérologie (1)

• mise en évidence danticorps dans le sang
• par formation de complexes antigène-anticorps,
  en utilisant des antigènes spécifiques du
  micro-organisme recherché
• diverses techniques de révélation des
  complexesagglutination, fluorescence

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La sérologie (2)

• sang prélevé sur tube sec stérile
• résultats en 24-48 heures
• 2 prélèvements pour mettre en évidence la montée
  du taux des anticorps un le plus tôt possible et
  lautre environ 15 jours plus tard
• en bactériologie réservé aux cas de
  diagnostic direct difficile (ex brucellose,
  légionellose, mycoplasmes, chlamydia)
• très utilisé en virologie et parasitologie

27

• Bactéries et antibiotiques

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Structure des bactéries

• Bactérie Cellule procaryote
• Paroi
• Membrane cytoplasmique
• Cytoplasme
• Chromosome circulaire

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Les antibiotiques

• Cible les différentes voies métaboliques des
  bactéries

30
(No Transcript)
31
ANTIBIOTIQUES INTERVENANT DANS LA SYNTHESE DE LA
PAROI

• ?-LACTAMINES
• GLYCOPEPTIDES
• FOSFOMYCINE
• BACITRACINE

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Cible daction des béta-lactamines
33
(No Transcript)
34
ANTIBIOTIQUES ACTIFS SUR LES MEMBRANES

• POLYMYXINES

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ANTIBIOTIQUES INHIBANT LA SYNTHESE OU
L'EXPRESSION DE LADN

• QUINOLONES
• RIFAMPICINE
• INHIBITEURS DE LA SYNTHÈSE DES FOLATES
  SULFAMIDES ET TRIMETHOPRIME
• 5-NITRO-IMIDAZOLÉS
• NITROFURANES

36
ANTIBIOTIQUES INHIBANT LA SYNTHESE DES PROTEINES

• MACROLIDES ET APPARENTES
• TETRACYCLINES
• AMINOSIDES
• CHLORAMPHENICOL
• ACIDE FUSIDIQUE

37
Synthèse des protéines
38
Synthèse des protéines
39
Synthèse des protéines
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Les champignons et les anti fongiques
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Caractéristiques des champignons

• Cellules qui produisent de lénergie (glycogène),
  se reproduisent (spores)
• Paroi rigide (polysaccharides)
• Membrane cytoplasmique (ergostérol)
• Noyau avec membrane nucléaire
• Cytoplasme avec des mitochondries

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(No Transcript)
43
(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
48
(No Transcript)
49
(No Transcript)
50
Les virus
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Structure virale

• Un acide nucléique , ADN ou ARN
• Un complexe protéique protecteur, la capside
• Une enveloppe (membrane lipidique) facultative

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La multiplication virale

• Virus être très simple incapable de se
  multiplier seul
• Pas de matières premières
• Pas de sources dénergie
• Pas denzymes
• Seulement linformation génétique
• ? pour la réplication utilisation de la
  machinerie de la cellule infectée

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LA MULTIPLICATION DU VIRUS DANS LA CELLULE CIBLE

• A  Attachement
• B  Pénétration
• C  Décapsidation
• D Réplication
• E  Synthèse des protéines virales (par
  traduction des ARNm viraux)
• F  Assemblage
• G  Libération des virions néoformés par
  bourgeonnement ou fusion-lyse

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Les antiviraux

• Ne visent pas les virus eux-mêmes qui sont
  métaboliquement inertes
• Bloquent le cycle de multiplication des virus, à
  différentes étapes

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 PRINCIPAUX ANTIVIRAUX

• PÉNÉTRATION ET DÉCAPSIDATION
• T-20 ou pentafuside FUZEON
• ? Produit actif sur le virus de
  limmunodéficience humaine  inhibiteur de fusion
• Amantadine (MANTADIX)
• Chlorhydrate d'amino-L-adamantane
• Action sur les virux grippaux (Influenzavirus A
  et B)

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RÉPLICATION incorporation au cours de la
synthèse de lacide nucléique viral

• 1. Inhibiteurs par compétition avec un nucléotide
  naturel ou par terminaison de chaîne
• Analogues nucléosidiques (analogues de base ou
  de sucre de lacide nucléique)
• ex - aciclovir ou ZOVIRAX (herpes virus)
• - ganciclovir ou CYMEVAN
  (cytomégalovirus)
• - zidovudine (AZT) ou RETROVIR (Hiv)
• -lamivudine (3TC) ou EPIVIR,.

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2. Inhibiteurs non nucléosidiques denzyme virale

• Névirapine (VIRAMUNE)
• Efavirenz ou SUSTIVA,
• ? Action sur le VIH

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3. Incorporation directe à lADN viral

• Acide phosphonoformique (FOSCAVIR)
• PFA foscarnet

? Action sur les virus herpes simplex,
varicelle-zona, cytomégalovirus
59

• MATURATION
• inhibiteurs de protéases
• Nelfinavir ou VIRACEPT
• Saquinavir ou INVIRASE?
• ? Action sur les virus de limmunodéficience
  humaine

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• LIBÉRATION
• Inhibiteurs de la neuraminidase 
• ? 4- guanidino-Neu5Ac2en Zanamivir ou RELENZA
• ? Oseltamivir ou TAMIFLU
• ? Action sur les virus grippaux (Influenzavirus A
  et B)

61
Schéma de multiplication du VIH et cibles
thérapeutiques
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Les interférons

• Dégradation des ARN messagers par activation
  dune ribonucléase
• ? arrêt de la production des protéines virales