Gestion des exploitations agricoles ( g

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Gestion des exploitations agricoles ( génétique)

• Evaluation du programme délevage actuel
  
• contre la toxicité du Cuivre chez le
  
• Bedlington terrier.
• Docquier dorothée
• Schleich laetitia
• Vanier Jean-charles

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• Introduction
• Maladie autosomale récessive
• Incapacité à excréter cuivre
• Âge dapparition 2-6 ans
• 2 phases - période d accumulation ( pas de
  symptômes)
• - Crise hémolytique
  ictère, hburie, Methbèmie,
• faiblesse, anorexie,
  fièvre, anémie, dyspnée,

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• Présentation et Objectifs
• 1 janvier 2000 Programme déradication de
  lintoxication au Cu
• gt uniquement les homozygotes non porteurs
  admis à la reproduction
• objectifs
• Impact sur la diversité génétique de la race
• La sélection dune sous-partie de la population
  originale va-t-elle aggraver la variation
  génétique , déjà faible au départ ?

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• Matériels et Méthodes
• 1 étape
• test de routine test utilisant un marqueur de
  séquence microsatellite disponible pour détecter
  animaux sensibles à la toxicité du Cu. Ce
  marqueur ( allèle 2 CO4107) se fixe sur
  lallèle délétère gt
  on peut isoler les anx Homozygotes sains
• On analyse 2 groupes
• Population Originale
  Population Séléctionnée

• n 23 CN
• Homozygotes Sains
• Hétérozygotes Porteurs
• 4 Homozygotes Atteints

n24 CN 24 Homozygotes Sains
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• 2 étape
• Dans chaque groupe, pour chaque animal
  prise de sang EDTA
• On analyse pour ces 2 populations la variation
  génétique des allèles au
• niveau de 18 loci
• Extraction du DNA et lecture pour chaque anl du
  nombre et type d allèle pour chacun des 18 loci
  ou microsatéllites
• Technique extraction du DNA
• amplification par PCR
• éléctrophorèse sur gel
• analyse sur gel de la
  taille des fragments

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• Critères dutilisation des 18 loci
• - indépendants et non-liés entre eux
• - utilisés lors des tests de
  paternité permet dexclure un éventuel
• risque de parenté

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• 3étape traitement des résultats
• Expl toutes les analyses ont été faites pour
  chaque animal
• gt G-stat( programme informatique) ramène les
  résultats par locus.
• Par conséquent, par locus et par population,
  on obtient
• - nombre dallèles
• - fréquence allélique ( pour
  chaque locus)
• - fréquence des Hétérozygotes
  observée ( H0)
• - fréquence des Hétérozygotes
  attendue ( He)
• - Fl ( coefficient d élevage)
• distance génétique
• test dattribution

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• Exemple

Locus FH123 Nb dallèles Allèle 1 Allèle 2 Fqce Allèlique 0,85 0,15 H0 0,30 He 0,26 (2.0,85.0,15)
CPH2 Allèle 1 Allèle 2 Allèle 3 0,02 0,87 0,11 0,17 0,23
Fl -0,18
0,25
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• Explications
• Fl 1- (Ho/He)
• Fl gt0
• 1- (Ho/He) gt0
• 1gt( Ho/He)
• HegtHo
• Il y a moins dhétérozygotes pour ce locus
  que ce qui est normalement prévu gt pour ce même
  locus , il y a beaucoup plus dhomozygotes
• Quand Fl gt0 homozygotes
• Quand Fl lt 0 hétérozygotes

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• Test d attribution
• - Pour
  chaque anl, on calcule la fqce de chaque allèle
  pour chaque locus dans les 2 populations MAIS
  sans prendre en compte l animal que lon veut
  tester dans le comptage.
• - Puis on
  analyse son génotype et on regarde vers quelle
  population son profil se rapproche le plus.

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• Résultats
• Pas de difference significative entre les valeurs
  moyennes
• 
  -du nbre d allèles
• 
  - de la fqce allélique(à chque
  locus)
• 
  - des Ho
• 
  - des He
• 
  - du Fl et de Fi
• A lobservation des valeurs indiv de Fl des 2
  groupes il y a un peu plus
• de Fl lt0 dans groupe sélectionné gt un peu
  plus d hétérozygotes ( plus
• grande variation) que dans la population d
  origine.
• En se basant sur la moyenne, nous ne pouvons
  pas observer de variations mais si on analyse la
  déviation standard elle est quand même un peu
  plus élevée ( peut-être pas  significativement 
  très différente)

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• Distance Génétique
• - spécifique pour un
  locus
• - reflète le
  degré de ressemblance entre les allèles au niveau
  d un même locus pour ces 2 populations.
• - DG est
  élevée entre ces 2 pop., - elles ont d allèles
  en commun.
• Dans l étude DG 0,06 ,ce qui est très
  faible gt il ny a donc pas de différences
  importantes au niveau des allèles de chaque locus
  entre ces pop.

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• Dans le test dattribution
• 88 des homozygotes sains ont été
  correctement attribués dans le groupe duquel ils
  étaient vraiment d origine et pas dans l autre.
• Ceci veut dire que le groupe des homozygotes
  sains s est déjà bien individualisé de la
  population d origine MAIS cela peut s expliquer
  peut-être par la perte de 4 allèles au niveau de
  4 loci.

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• Conclusions
• - Forte ressemblance entre ces 2 pop.
• La variation génétique des 2 pop. est fort basse
  ( Ho 0,41)
• La sélection ne change pas significativement la
  variation globale mais au cours du temps , si on
  sélectionne continuellement contre le gène de la
  toxicité au Cu, on finira par encore plus
  diminuer cette V.G dejà faible.
• En regard de cette étude, les éleveurs ont décidé
  de réintroduire les hétérozygotes pour la
  reproduction afin de maintenir la diversité de la
  race.

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• Quel usage feriez-vous des résultats en tant que
  V.T?
• avant la mise à la reproduction faire test de
  routine pour detetecter les porteurs .
• Écarter les porteurs atteints de la reproduction
• Ne reproduire les porteurs sains ( hétérozygotes)
  quavec les homozygotes sains

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• Critiques
• la variation génétique fort basse car seulement
  23 et 24 chiens gt faible ( dans les autres
  études Ho 0,5-0,6)
• Bien que pas très significatif on observe quand
  même plus de valeurs individuelles Fl lt 0 chez
  les homozygotes sains , il y aurait qd même un
  peu plus dhétérozygotes et de diversité ( DS
  plus élevée).

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Bibliographie

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  dog breed differentiation with microsatellite
  markers. Animal genetics 27,343-6
• Yuzbasiyan-gurkan V., Blanton SH., Cao Y.,
  Ferguson P., Li J. Venta P.jBrewer G.J.Linkage
  of a microsatellite marker to the canine copper
  toxicosis locus in Bedlington Terriers
• Zajc I., Mellersh CS Sampson J. Variability of
  canine microsatellites within and between
  different dog breeds. Mammalian Genome 8, 182-5
• B. Denis, Genetique et sélection chez le chien,
  105-109
• D. Tagu, principes des techniques de biologie
  moléculaire, edition inra,
• 57-5873