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Centre dExpérimentation du Calcul Intensif en
Chimie CECIC
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(No Transcript)
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Laboratoire dEtudes Dynamiques et
Structurales de la Sélectivité (LEDSS, UMR 5616)
Laboratoire dElectro- chimie Organique et de
Photochimie Redox (LEOPR, UMR 5630)
Laboratoire de Cristallographie (UPR 5031)
LES PARTENAIRES
Département de Pharmacologie Moléculaire (DPM,
EP 811) de l UFR de Pharmacie
Centre de Recherches sur les Macromolécules
Végétales (CERMAV, UPR 5301)
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PÔLE DE CHIMIE CALCULATOIRE CECIC
Chimie Quantique (Cristallographie, LEDSS)
Mécanique-dynamique moléculaire (CERMAV, DPM,
LEDSS)
Matériaux (CERMAV, Cristallographie)
AXES DE RECHERCHE ET LABORATOIRES IMPLIQUES
Conformations bio-actives (CERMAV, DPM, LEDSS)
Bio-Informatique (CERMAV, DPM, LEDSS)
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Chimie Quantique Dalton, Dmol3, Gaussian
(94/98) Molcas, Mopac, Saptx
Mécanique-dynamique moléculaire Amber, Cerius,
Charmm Insight/Discover, Jumna MM2/3, Sybyl
Matériaux Cerius, CCP4/CCP3 O, Turbo Frodo
LES LOGICIELS
Conformations bio-actives Sans connaissance
structurale du récepteur (Cerius,
Insight/Discover, Sybyl) Avec connaissance structu
rale du récepteur (Grid)

• Bio-Informatique
• bases de données commerciales (RMN)
• bibliographiques (Medline)
• et génomiques (GenBank, SwissProt)

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Calculs intensifs
Utilisation de logiciels professionnels (Environne
ment SGI)
SOLUTION MIXTE IBM/SGI
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Mésoinformatique Serveurs de Calculs
Création des données Stockage et visualisation
des résultats
restent à la charges des participants
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Existant
Préservation de l existant performances
2 types de machines SGI et IBM
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• Exploitation pour 5 partenaires
• Statuts de fonctionnement
• respect de la charte CIMENT
• souplesse de gestion
• actions concertées
• ouverture

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• organisé autour
• Directeur
• Conseil de gestion
• Conseil des utilisateurs
• Règlement intérieur

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• CIMENT 1500 KF
• Partenaires
• CERMAV 82 KF
• Cristallo 82 KF
• LEDSS 82 KF
• LEDSS 61 KF
• Total 1807 KF

• Matériels 1746 KF
• Infrastructure 61 KF
• Total 1807 KF

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• SGI Origin 200
• Quadripro R1200-360 MHz
• 4 Go de RAM
• 2x18Go de disques
• IBM SP 9076-500
• 3 nœuds quadripro Power3-375MHz
• 8 Go de RAM par nœud
• 2x18Go de disques par nœud

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• Mutualisation des licences pour
• Modélisation Moléculaire
• Cerius
• Discover
• Sybyl
• Chimie Quantique
• Gaussian98

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• Mutualisation des applicatifs pour
• Modélisation Moléculaire
• Amber
• Charmm
• Jumna
• MM3, .
• Chimie Quantique
• Dmol
• Saptx
• etc.

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Parallélisation et du code DeMON Programme DFT
(pptés électriques matériaux .caractérisation
de leurs états exictés) (Marc Casida,
LEDSS) Implémentation d AMBER Programme de
dynamique moléculaire bio(macro)molécules. collabo
ration Claude.Lemarechal_at_inriaalpes.fr Implémenta
tion de CHARMM Programme de dynamique moléculaire
bio(macro)molécules. collaboration
Martin.Field_at_ibs.fr
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Etude du mécanisme catalytique dune
N-acétylglucosaminyltransférase dont le site
actif comprend in ion Mn2 Collaboration
Anne Imberty (CERMAV) - Anne Milet (LEDSS)
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Accepteur-OH XDP-sucre
Accepteur-O-sucre XDP
GT
Au moins 500 gènes (0.5 - 1 du génome humain
traduit ) participeraient à l expression
structurale et fonctionnelle d oligosaccharides
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Structure cristallographique dune
glycosyltransférase complexé avec le substrat
donneur (UDP-GlcNAc) et un ion Mn
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Détail du site les phosphates sont eclipsés et
le cycle glucidique adopte une conformation
inhabituelle pour la torsion F
F
Hypothése la première étape de la catalyse est
une déformation du nucléotide-sucre par lenzyme
et le manganese.
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Pour les calculs ab initio
Système modèle 1 Mn, eau, et tetrahydropyrane
avec un pyrophosphate
Système modèle 2 on a dû ajouter 2 acides
aminés pour stabiliser les molécules
deau. Gaussian 98 DFT B3LYP 5 électrons
célibataires 54 atomes, dont Mn. Optimisation
d une géomètrie 4 jours CPU, 4
processeurs espace disque 150 Mo. En prévision
MM / QM
But analyser lélongation de la liaison C1-O1
et des angles de valence dans cette conformation
particulière. Calculer la barrière de torsion
conformation inhabituelle pour la torsion F
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• IBM SP 9076-500 / SGI Origin 200 / Connectique
• Partage des ressources  logiciels  /
  Mutualisation des licences
• Réalisation structurante ( 5 Unités de
  Recherche)
• Premières réalisations communes d envergure
• Ouverture vers les autres communautés (IBS,
  INRIA,)
• .