iTRAQ

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iTRAQ

• isobaric tag for relative and absolute
  quantitation

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iTRAQ

• Methode zur absoluten und relativen
  Quantifizierung von Proteinen
• Einsatz von isobaren Reagenzien, die an
  N-Terminus und Lysin-Seitenketten binden
• Erhalt von MS/MS-Spektren, anhand derer
  quantifiziert werden kann

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Ablauf der Analyse
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iTRAQ Reagenzien
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iTRAQ-Reaktion
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MS/MS
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Einsatzbereiche

• Vergleich von gesunden und kranken Zellen
• Vergleich der Proteinexpression in verschiedenen
  Bakterienstämmen
• absolute Quantifizierung von Proteinen

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Absolute Quantifizierung
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Beispiel Nonsense-mediated mRNA decay

• NMD ist der Abbau fehlerhafter mRNA
• Vergleich von funktionsfähigen und defekten
  Hefezellen

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Signale der Reporterionen
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Vorteile

• 4 unterschiedliche Proben können in einem
  Experiment analysiert werden
• jedes Protein mit einer freien Aminofunktion kann
  gemessen werden
• reproduzierbar

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Reproduzierbarkeit
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Vorteile

• Tags haben optimale Massen, da diese sonst nicht
  im Spektrum auftreten
• Peakübelappung wird reduziert
• absolute Quantifizierung einzelner Proteine
  möglich

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Nachteile

• Notwendigkeit der MS/MS-Analyse
• kein quantitatives Labeling
• enzymatische Spaltung erhöht Komplexität der
  Probe

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Literatur

• Philip L. Ross, Multiplexed Protein Quantitation
  in Saccharomyces cerevisiae Using Amine-reactive
  Isobaric Tagging Reagents, Molecular Cellular
  Proteomics 3.12, 2004, 1154-1169
• Sebastian Wiese, Kai A. Reidegeld, Helmut E.
  Meyer and BettinaWarscheid, Protein labeling by
  iTRAQ A new tool for quantitative mass
  spectrometry in proteome research, Proteomics
  2006, 6, 1-11
• Lottspeich, Fr., Engels J. W., Bioanalytik, 2.
  Auflage, Elsevier GmbH, München, 2006, S. 1012