Contexte biologique

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Contexte biologique objectif

• Etude clinique en pharmacogénomique
• Objectif
• Une base de donnée qui regroupe les informations
  disponibles sur les variations génomiques et les
  haplotypes et pahtologies auquels elles sont
  associées

e.g. propriétés chimiques, posologie
e.g. variation génomique interindividuelle
e.g. données cliniques, analyse moléculaire
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4 entitées principales (1/2)

• 1.Gène
• 2.Pathologie
• 3.Variation génomique
• Définition variation entre individus dans
• la séquence génomique
• 0,3 du génome gt 107 paires de bases
• Polymorphisme, variant, mutation
• 90 sont des Single Nucleotide Polymorphism
  (SNP)

Image www.genomenewsnetwork.org
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4 entitées principales(2/2)

• 4.Haplotype
• Groupe de SNP transmis de façon homogène

Images www.hapmap.org
4
Bases de données biologiques (1/5) Gene _at_
NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?dbge
ne

• GeneID, Official Symbol, Organism,
• Genomic Reference Assembly, Genomic Reference
  Assembly Range
• GeneOntology terms (NB un identifiant unique
  par terme)
• Références croisées OMIM, PharmGKB, dbSNP
• Exemple le gène TPMT

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Bases de données biologiques (2/5) OMIM _at_
NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/

• OMIM Number (ID), OMIM Name, Description
• List of allelic variants (référence croisée avec
  dbSNP)
• References
• Clinical Synopsis
• Genotype/Phentoype correlations
• Exemple 1 gène TPMT
• Exemple 2 déficience en TPMT

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Bases de données biologiques (3/5) dbSNP _at_ NCBI
http//www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

• rs ID, organism, allele variation, genome build
• Chromosome number, reference chromosome position,
  gene ID, exon/intron number
• Fonction untranslated, splice-site, intron,
  synonymous, nonsynonymous
• Exemple 1 SNP de TPMT
• Exemple 2 rs1800460

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Bases de données biologiques (4/5)
HapMap http//www.hapmap.org/

• Tag SNP et haplotype / type de population
• Construction des haplotypes par Tagger
• http//www.hapmap.org/

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Bases de données biologiques (5/5)
PharmGKB http//www.pharmgkb.org/

• Gène
• Gene Symbol, Références croisées avec Gene, OMIM,
  GO-ID
• Variants
• Position, variation allélique (référence croisée
  avec dbSNP)
• Pathologies reliées
• Exemple gène TPMT
• Pathologie
• Nom
• Gènes reliés
• Exemple Leucémie lymphoblastique aigue

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Exemples de requêtes (1/2)

• Pour une pathologie donnée gt Gènes liés ?
  Haplotypes ? SNP ?
• Quels variants génotyper dans létude clinique
  ?
• Quels sont tous les SNP non-synonymes des gènes
  liés à la leucémie lymphoblastique aigue (acute
  lymphoblastic leukemia) ?
• Quels sont les haplotypes impliqués dans une
  déficience en TPMT (TPMT deficiency) ?
• Pour un gène donné gt Pathologies liées ?
  Haplotypes ? SNP ?
• Est-ce que le gène que jétudie est conservé ?
  
• Combien y a t-il dhaplotypes dans le gène BRCA2
  et ABCB1 ?
• Combien y a t-il de SNP non-synonymes dans chacun
  de ces haplotypes ?
• Quelle est la taille (en paire de base) de ces
  gènes ?

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Exemples de requêtes (2/2)

• Pour un SNP donné gt Pathologies liées ?
  Haplotypes ?
• Quels sont les signes cliniques
  potentiellement modifiés (ie intéressant à
  explorer) lorsque jobserve la variation
  génomique X?
• Est ce que le SNP rs2842934 est dans un haplotype
  ? Quel est le tag SNP correspondant ?
• Dans quel phénomène pathologique le variant
  rs1800460 peut-il jouer un rôle ?
• Contact adrien.coulet_at_loria.fr
• Cette présentation http//www.loria.fr/coulet/